Imunski sistem sestavljajo imunske celice, ki so specializirane za napadanje in uničevanje telesu tujih celic – zlasti mikroorganizmov, pa tudi škodljivih lastnih celic, na primer okuženih in tumorskih celic. Pri avtoimunski bolezni pa se zgodi napačna »akcija« imunskega sistema, ki napade lastne celice in tkiva, kot bi šlo za tujek. Posledica je uničevanje lastnih tkiv in organov, te poškodbe na zunaj vidimo kot vnetje. Dolgoročno se zaradi okvare določenih lastnih tkiv in organov pojavijo težave zaradi neopravljenih nalog, ki bi jih taka tkiva ali organi morali sicer v organizmu izvajati. Če je na primer zaradi avtoimunske bolezni uničena trebušna slinavka, potem človek nima več dovolj hormona insulina, ki ga trebušna slinavka sicer proizvaja, in posledica je sladkorna bolezen. Če je uničen del živčevja, kot pri multipli sklerozi, potem bolniku izpadejo nekatere živčne funkcije in postane na primer ohromel ali ima okvarjen vid.

Najbolj razširjene so avtoimunska bolezen ščitnice, revmatoidni artritis, sistemska lupusna bolezen, multipla skleroza, avtoimunski diabetes, celiakija, Chronova bolezen, avtoimunske bolezni ledvic in psoriaza.